Changes between Initial Version and Version 1 of Ticket #6075


Ignore:
Timestamp:
Feb 4, 2022, 9:16:41 AM (4 years ago)
Author:
Eric Pettersen
Comment:

Reported by Jonathan Flores

Legend:

Unmodified
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Modified

  • Ticket #6075

    • Property Component Unassigned → Sessions
    • Property Owner set to Tom Goddard
    • Property Platform → all
    • Property Project → ChimeraX
    • Property Status new → assigned
    • Property Summary ChimeraX bug report submission → 'None' in self.maps

  • Ticket #6075 – Description

    initial v1  
    467467File header for
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    … …  
    567567File header for
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    … …  
    617617File header for
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    … …  
    667667File header for
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    … …  
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    … …  
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    … …  
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    … …  
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    2392 b'\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00',
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    2396 b'\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00',
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    2435 File header for
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    2448 [b'\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00',
    2449 b'\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00',
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    2451 b'\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00',
    2452 b'\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00',
    2453 b'\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00',
    2454 b'\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00',
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    3833 File header for
    3834 /Users/jonnyflores/em_data/mp38_plus_calcium/cryosparc_jobs/p4_j328_3dvd/cryosparc_P4_J328_component_000/frame_000.mrc 
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    3845 [b'\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00',
    3846 b'\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00',
    3847 b'\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00',
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    4680 b'\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00',
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    6080 > view
    6081 
    6082 > turn x 180
    6083 
    6084 > view
    6085 
    6086 > show #!5.5 models
    6087 
    6088 > hide #!5.1 models
    6089 
    6090 > show #!5.10 models
    6091 
    6092 > hide #!5.5 models
    6093 
    6094 > show #!5.15 models
    6095 
    6096 > hide #!5.10 models
    6097 
    6098 > show #!5.20 models
    6099 
    6100 > hide #!5.15 models
    6101 
    6102 > show #!5.15 models
    6103 
    6104 > hide #!5.15 models
    6105 
    6106 > hide #!5.20 models
    6107 
    6108 > show #!6 models
    6109 
    6110 > hide #!6 models
    6111 
    6112 > hide #!5 models
    6113 
    6114 > open
    6115 > /Users/jonnyflores/em_data/mp38_plus_calcium/cryosparc_jobs/p4_j325_3dvd/cryosparc_P4_J325_component_002/*.mrc
    6116 > vseries true
    6117 
    6118 Opened map series frame_000.mrc as #7, 20 images, grid size 140,140,140, pixel
    6119 1.48, shown at level 0.686, step 1, values float32 
    6120 
    6121 > close #7
    6122 
    6123 > open
    6124 > /Users/jonnyflores/em_data/mp38_plus_calcium/cryosparc_jobs/p4_j354_3dva_4comps_6ares/cryosparc_P4_J354_component_000/*.mrc
    6125 > vseries true
    6126 
    6127 Opened map series frame_000.mrc as #7, 20 images, grid size 128,128,128, pixel
    6128 1.48, shown at level 0.693, step 1, values float32 
    6129 
    6130 > show #7.5 models
    6131 
    6132 > hide #!7.5 models
    6133 
    6134 > show #!7.5 models
    6135 
    6136 > show #7.10 models
    6137 
    6138 > hide #!7.10 models
    6139 
    6140 > show #!7.10 models
    6141 
    6142 > hide #!7.10 models
    6143 
    6144 > show #7.15 models
    6145 
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    6148 > show #!7.15 models
    6149 
    6150 > hide #!7.15 models
    6151 
    6152 > show #!7.15 models
    6153 
    6154 > hide #!7.15 models
    6155 
    6156 > close #7
    6157 
    6158 > open
    6159 > /Users/jonnyflores/em_data/mp38_plus_calcium/cryosparc_jobs/p4_j344_3dvd_8comps_6ares/cryosparc_P4_J344_component_000/*.mrc
    6160 > vseries true
    6161 
    6162 Opened map series frame_000.mrc as #7, 20 images, grid size 128,128,128, pixel
    6163 1.48, shown at level 0.738, step 1, values float32 
    6164 
    6165 > show #7.5 models
    6166 
    6167 > hide #!7.5 models
    6168 
    6169 > show #!7.5 models
    6170 
    6171 > close #7.2-4
    6172 
    6173 > close #7.6-9
    6174 
    6175 > close #7.11-14
    6176 
    6177 > close #7.16-19
    6178 
    6179 > show #7.10 models
    6180 
    6181 > show #7.15 models
    6182 
    6183 > show #7.20 models
    6184 
    6185 Traceback (most recent call last): 
    6186 File
    6187 "/Applications/ChimeraX-1.3.app/Contents/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/3.9/lib/python3.9/site-
    6188 packages/chimerax/model_panel/tool.py", line 241, in set_model_color 
    6189 run(ses, cmd, log=False) 
    6190 File
    6191 "/Applications/ChimeraX-1.3.app/Contents/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/3.9/lib/python3.9/site-
    6192 packages/chimerax/core/commands/run.py", line 36, in run 
    6193 results = command.run(text, log=log, return_json=return_json) 
    6194 File
    6195 "/Applications/ChimeraX-1.3.app/Contents/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/3.9/lib/python3.9/site-
    6196 packages/chimerax/core/commands/cli.py", line 2856, in run 
    6197 result = ci.function(session, **kw_args) 
    6198 File
    6199 "/Applications/ChimeraX-1.3.app/Contents/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/3.9/lib/python3.9/site-
    6200 packages/chimerax/std_commands/color.py", line 177, in color 
    6201 _set_model_colors(session, objects.models, color, opacity, undo_state) 
    6202 File
    6203 "/Applications/ChimeraX-1.3.app/Contents/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/3.9/lib/python3.9/site-
    6204 packages/chimerax/std_commands/color.py", line 374, in _set_model_colors 
    6205 m.model_color = c 
    6206 File
    6207 "/Applications/ChimeraX-1.3.app/Contents/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/3.9/lib/python3.9/site-
    6208 packages/chimerax/graphics/drawing.py", line 255, in __setattr__ 
    6209 super(Drawing, self).__setattr__(key, value) 
    6210 File
    6211 "/Applications/ChimeraX-1.3.app/Contents/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/3.9/lib/python3.9/site-
    6212 packages/chimerax/map_series/series.py", line 94, in _set_model_color 
    6213 m.model_color = color 
    6214 AttributeError: 'NoneType' object has no attribute 'model_color' 
    6215  
    6216 AttributeError: 'NoneType' object has no attribute 'model_color' 
    6217  
    6218 File
    6219 "/Applications/ChimeraX-1.3.app/Contents/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/3.9/lib/python3.9/site-
    6220 packages/chimerax/map_series/series.py", line 94, in _set_model_color 
    6221 m.model_color = color 
    6222  
    6223 See log for complete Python traceback. 
    6224  
    6225 Traceback (most recent call last): 
    6226 File
    6227 "/Applications/ChimeraX-1.3.app/Contents/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/3.9/lib/python3.9/site-
    6228 packages/chimerax/model_panel/tool.py", line 246, in log_delayed_cmd 
    6229 Command(ses).run(but.delayed_cmd_text, log_only=True) 
    6230 AttributeError: 'MultiColorButton' object has no attribute 'delayed_cmd_text' 
    6231  
    6232 AttributeError: 'MultiColorButton' object has no attribute 'delayed_cmd_text' 
    6233  
    6234 File
    6235 "/Applications/ChimeraX-1.3.app/Contents/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/3.9/lib/python3.9/site-
    6236 packages/chimerax/model_panel/tool.py", line 246, in log_delayed_cmd 
    6237 Command(ses).run(but.delayed_cmd_text, log_only=True) 
    6238  
    6239 See log for complete Python traceback. 
    6240  
    6241 
    6242 > hide #!7.1 models
    6243 
    6244 > show #!7.1 models
    6245 
    6246 > hide #!7.5 models
    6247 
    6248 > show #!7.5 models
    6249 
    6250 > color #7.5 white models transparency 0
    6251 
    6252 > color #7.10 white models transparency 0
    6253 
    6254 > color #7.15 white models transparency 0
    6255 
    6256 > color #7.20 white models transparency 0
    6257 
    6258 > hide #!7.5 models
    6259 
    6260 > hide #!7.10 models
    6261 
    6262 > hide #!7.15 models
    6263 
    6264 > hide #!7.20 models
    6265 
    6266 > volume #7.1 sdLevel 3.8
    6267 
    6268 > volume #7.1 sdLevel 3.6
    6269 
    6270 > volume #7.1 sdLevel 3.4
    6271 
    6272 > volume #7.1 sdLevel 3.2
    6273 
    6274 > view all
    6275 
    6276 > view orient
    6277 
    6278 > volume all limitVoxelCount true voxelLimit 64.0 dataCacheSize 12000
    6279 > dumpHeader true colorMode auto16 surfaceSmoothing true smoothingIterations
    6280 > 20 smoothingFactor 0.1 subdivideSurface true subdivisionLevels 1
    6281 > colormapExtendLeft true colormapOnGpu true colormapSize 4096 fullRegionOnGpu
    6282 > true blendOnGpu true maximumIntensityProjection true btCorrection true
    6283 
    6284 File header for
    6285 /Users/jonnyflores/em_data/20210405_empiar10480/cryosparc/j202_3dva-
    6286 display/cryosparc_P284_J202_component_000/frame_000.mrc 
    6287 alpha = 90.0 
    6288 amax = 6.037815 
    6289 amean = 0.1033328 
    6290 amin = -2.4609637 
    6291 beta = 90.0 
    6292 gamma = 90.0 
    6293 imodFlags = 0 
    6294 imodStamp = 0 
    6295 ispg = 0 
    6296 labels =
    6297 [b'\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00',
    6298 b'\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00',
    6299 b'\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00',
    6300 b'\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00',
    6301 b'\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00',
    6302 b'\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00',
    6303 b'\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00',
    6304 b'\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00',
    6305 b'\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00',
    6306 b'\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00'] 
    6307 machst = 16708 
    6308 mapc = 1 
    6309 mapr = 2 
    6310 maps = 3 
    6311 mode = 2 
    6312 mx = 128 
    6313 my = 128 
    6314 mz = 128 
    6315 nc = 128 
    6316 ncstart = 0 
    6317 nlabl = 0 
    6318 nr = 128 
    6319 nrstart = 0 
    6320 ns = 128 
    6321 nsstart = 0 
    6322 nsymbt = 0 
    6323 rms = 0.0 
    6324 symop = b'' 
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    8601 alpha = 90.0 
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    8610 labels =
    8611 [b'\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00',
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    8618 b'\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00',
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